I primi abitanti di Manarola furono quasi certamente i montanari dei colli sovrastanti che, poco dopo l'anno Mille, costruirono alcune case attorno all'approdo in corrispondenza della foce del torrente Groppo.
Il borgo nel 1202 fu assoggettato ai vescovi di Luni fino al 1252 quando, su ordine di papa Innocenzo IV (al secolo Sinibaldo Fieschi, nato a Manarola nel 1195) dovettero cederlo al di lui nipote Niccolò.
I Fieschi fecero costruire un piccolo castello sulla scogliera a levante dell'approdo, di cui oggi rimane soltanto uno dei bastioni, inglobato in un'abitazione.
La strisciante rivalità con la Repubblica Genovese portò alla guerra del 1276, al termine della quale i Fieschi persero tutti i loro possedimenti.
Manarola entrò a far definitivamente parte dei possedimenti genovesi del levante e amministrativamente fu incorporata nella podesteria di Carpena, cui rimase aggregata fino al 1345, quando venne costituita la podesteria di Riomaggiore.
Pochi anni prima, nel 1338, era iniziata la costruzione della chiesa parrocchiale di San Lorenzo a cura e a spese degli uomini del comune di Manarola e di Volastra.
Da allora nella storia di Manarola non si sono registrati eventi di rilievo, se non le sciagurate incursioni dei pirati saraceni che, per oltre quattro secoli, costituirono una perenne minaccia per le popolazioni della costa ligure.